home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ Shareware Overload Trio 2 / Shareware Overload Trio Volume 2 (Chestnut CD-ROM).ISO / dir26 / epi601_2.zip / FILES07.EXE / EPIDEMIC.TXT < prev    next >
Text File  |  1994-08-22  |  9KB  |  183 lines
  1. 
  2.  
  3.            EPIDEMIC--Paralytic Poisoning and Deaths in Felicidad
  4.  
  5.          On July 30, 120 cases of sudden neurologic symptoms and 26
  6.          deaths occurred in the village of "San Felipe del Mar" in the
  7.          country "Felicidad."  Paralytic shellfish poisoning, caused
  8.          by toxic dinoflagellates (the "Red Tide"), was suspected.  On
  9.          request of the Felicidad Ministry of Health through the Pan
  10.          American Health Organization, two epidemiologists from the
  11.          Centers for Disease Control (CDC) traveled to Felicidad.
  12. 
  13.  
  14.  
  15.          The CDC epidemiologists met with Ministry and local
  16.          officials, and they and Felicidadian epidemiologists carried
  17.          out several studies.  A team of five local health
  18.          professionals  reviewed hospital records and death
  19.          certificates and interviewed ill persons (cases) and
  20.          household controls or their relatives.  The interviews were
  21.          conducted in Spanish, using a two-page typewritten
  22.          questionnaire.
  23. 
  24.  
  25.  
  26.  
  27.          The CDC investigators had brought a portable computer and
  28.          printer.  These were set up in a motel room, and an Epi Info
  29.          questionnaire was constructed to enter the data.  One
  30.          investigator read the data aloud while the other typed at the
  31.          keyboard, and 126 cases were entered in about 6 hours.  They
  32.          then produced a listing of all variables in ANALYSIS, which
  33.          they checked against the questionnaires to find errors.  By
  34.          the third day of investigation they had produced tables for a
  35.          descriptive study and a case-control study.
  36.  
  37.          The file EPIDEMIC.REC contains the corrected records.  The
  38.          variable names have been changed to English to facilitate
  39.          understanding by English-speaking readers.  You can look at
  40.          and edit the file using the ENTER program.
  41. 
  42.  
  43.  
  44.          The investigators' first step, after "cleaning" the data, was
  45.          to perform a descriptive study of the cases.  The easy way to
  46.          perform this analysis for all variables is:
  47.  
  48.          EPI>SELECT ILL = "Y"     (This selects ill persons only)
  49.          EPI>FREQ *          (Displays a frequency distribution for
  50.          each variable)
  51.  
  52.          A useful scheme for analyzing epidemic information is to
  53.          divide items into Time, Place, and Person, or Time,
  54.          Geography, and Everything Else.  Time is conveniently shown
  55.          on an epidemic curve, or graph of the course of the epidemic,
  56.          and you may wish to graph several types of frequencies from
  57.          the analysis of cases, including time of onset for cases who
  58.          survived and for those who died.  Calculating incubation
  59.          period requires some mathematical gymnastics because the
  60.          hours are expressed as 1200, 1830, etc., with the first two
  61.          digits in hours and the third and fourth in minutes, with a
  62.          base of 60 per hour.  The necessary calculations are shown in
  63.          the program called TIME.PGM, so
  64. 
  65.  
  66.          Place  was explored initially, and it was found that all the
  67.          cases in San Felipe del Mar clustered in a few households in
  68.          the poorest part of town.  Subsequent studies in San Felipe
  69.          del Mar were limited to these households; therefore, Place
  70.          does not figure prominently in the analysis.
  71.  
  72.          Cases were identified and studied in several other
  73.          surrounding towns, but for the sake of simplicity, our
  74.          considerations will be limited to the cases in San Felipe del
  75.          Mar.  The investigators also chose to focus their analysis on
  76.          these cases while they were still in the field.
  77. 
  78.  
  79.  
  80.  
  81.          Person usually includes all the aspects of demography such
  82.          as age, sex, and race, as well as exposure variables such as
  83.          food history, medications, other illnesses, and behavioral
  84.          risk factors.  Many of these were explored with the help of a
  85.          case-control study.
  86.  
  87. 
  88.                              Case-Control Study
  89.  
  90.          For the case-control study, a more precise case definition
  91.          was used, namely "A person in San Felipe del Mar who
  92.          developed an acute illness on July 30 characterized by
  93.          headache and at least two of the following sensory symptoms:
  94.          (numbness of the lips, face, ears, fingers,  toes, legs,
  95.          arms) and at least two of the following motor symptoms
  96.          (difficulty talking, difficulty walking, difficulty getting
  97.          up from a lying or sitting position, difficulty breathing,
  98.          dizziness)."
  99.  
  100. 
  101.          Programming ANALYSIS to identify the cases and controls by
  102.          this definition is somewhat complex, and the investigators
  103.          did not do so in the field.  It is sometimes easier to make
  104.          such decisions manually and enter the result in an extra
  105.          variable like GROUP that has been included in the
  106.          questionnaire, or that can be merged with it.  As an
  107.          illustration of techniques, however, we have included a
  108.          program to identify the cases and controls in the file
  109.          CASECON.PGM.  To see the commands, print or display the file.
  110.          To use it with the file EPIDEM1.REC, run ANALYSIS, and give
  111.          the command RUN CASECON.PGM.
  112. 
  113.          CASECON.PGM does the following:
  114.  
  115.               *READs the file EPIDEM1.REC
  116.               *DEFINEs variables for GROUP, NEURO symptoms, and MOTOR symptoms
  117.               *SETS NEURO and MOTOR counts to zero
  118.               *Using IF statements, puts the count of NEURO and MOTOR
  119.                   symptoms in these variables
  120.               *Sets GROUP to blank
  121.               *IF illness, onset on July 30, headache, two or more NEURO
  122.                    symptoms and two or more MOTOR symptoms are all
  123.                    present, GROUP is set to "CASE"
  124.               *For noncases who are not ILL, GROUP is set to "CONTROL"
  125.  
  126.               *SELECT is used to limit processing to CASES and CONTROLS
  127.               *SET is used to ignore records with missing values
  128.               *A page HEADER provides title information
  129.               *Variables ANYCLAMS, ANYFISH, ANYSHRIMP, and ANYLOBSTER
  130.                    are set to "+" if  either the food or soup
  131.                    made from the food (or both) were eaten
  132.               *A message is displayed on the screen to instruct the user
  133. 
  134.  
  135.          Alternatives to Programming
  136.  
  137.          The investigators avoided many of the programming steps we
  138.          have included in the .PGM files by using the FREQ commands
  139.          combined with use of the delete feature in ENTER.  To perform
  140.          an analysis, they deleted unwanted records temporarily and
  141.          then did the analysis.  This can be done by using several
  142.          copies of the data file with different names.  They then
  143.          combined the results from cases and controls, using STATCALC
  144.          to do the statistics.  Although the method was laborious, it
  145.          was far less so than hand tabulation and also faster and more
  146.          accurate.  Elegance in programming should always take second
  147.          place to getting accurate results in a field investigation.
  148. 
  149.          General Results
  150.  
  151.          The investigators concluded that consumption of clams and
  152.          clam soup was responsible for the epidemic and for the 26
  153.          deaths.  Bioassay and chemical analysis of clams showed high
  154.          levels of saxitoxin, the chemical basis of the toxicity of
  155.          shellfish during periods of "red tide."
  156.  
  157.          The investigating team made recommendations 1) for the
  158.          monitoring of clams for saxitoxin and 2) for health
  159.          education, since (despite the odds ratios) many residents did
  160.          not realize the danger of eating clams during periods of "red
  161.          tide."  They also recommended a system for warning citizens
  162.          during danger periods and provided ideas for further
  163.          research, including exploration of the relationship of clam
  164.          beds to agricultural runoff and to a nearby shrimp farm.
  165. 
  166.          A preliminary report--containing key tables, hand-drawn maps,
  167.          the questionnaire, a summary of methods, results of the
  168.          descriptive and case-control studies, a summary of cases
  169.          outside San Felipe del Mar, conclusions, and recommendations-
  170.          -was typed on the portable computer,  discussed verbally with
  171.          CDC headquarters staff, and submitted to the Ministry of
  172.          Health and to the Pan American Health Organization before the
  173.          investigators left Felicidad, approximately 2 weeks after
  174.          they had arrived.  Further analysis was conducted after their
  175.          return to Atlanta.  For this purpose, the EXPORT program was
  176.          used to produce a SAS file for analysis on the CDC mainframe,
  177.          where logistic regression and other tests could be performed.
  178.  
  179.  
  180.  
  181.  
  182.  
  183.